过硫酸氢钾复合盐主要应用在以下方面：
1.消毒杀菌：
复合过硫酸氢钾粉消毒剂，已在世界范围内得到行业专家及政府认可，被认为是当今预防和控制畜禽及水产动物疾病的首选消毒剂。过硫酸氢钾溶解在水中后产生新生态氧，它非常活泼，氧化能力非常强，能使细菌、病毒的蛋白质变性，破坏其遗传物质的合成。复合过硫酸氢钾粉类消毒剂，正是利用这一原理，成为禽畜和水产养殖行业第五代消毒剂。常规配方是：以过硫酸氢钾复合盐为主要成分（一般不低于50%），辅以有机酸、表面活性剂、、氯化钠、络合剂、增效剂、稳定剂等。该产品溶解后能产生各种高能量、高活性的小分子自由基、活性氧等衍生物，通过链式反应系统，破坏微生物细胞膜的通透性，干扰病原体的DNA和RNA合成，杀灭各种病原微生物，并不受有机物影响，其代谢产物不会对人类和环境带来影响。该产品杀灭及抑制水体病毒、细菌、支原体、真菌、霉菌及弧菌等病菌生长繁殖；高浓度用量具有杀藻、灭藻及净水等功效。
2.改底解毒净水，主要包括以下几方面
1）氧化硫化氢、亚硝酸盐、二价铁化合物、二价锰化合物等还原性有害物质，改底除臭；
2）降解多氯联苯、多环芳烃、农药、除草剂、染料（如孔雀石绿等）、除草剂、藻毒素等环境危害大、生物法降解难度大的污染物；现代的水体中往往含有大量的有毒难降解有机污染物，如多环芳烃、多氯联苯、除草剂、杀虫剂和染料等物质，由于其化学结构稳定、具有很强的生物毒性，难生物降解，在自然界中存在时间长，对人、动物和水生生物具有潜在三致毒性。由于这类物质具有很强的生物毒性，生物法很难将其降解。过硫酸氢钾复合盐+催化剂的高级氧化技术，是国际上新开发的能够有效降解此类污染物的技术，利用反应体系中产生的强氧化性自由基，使水体中有机物污染物分解成小分子物质，甚至矿化成CO2、H2O和相应的无机离子，彻底的去除污染物。降解水中氯酚类污染物：如降解五氯酚 ，实验证明，可以在1h之内将50mg/L的2，4-二氯苯酚完全分解；
3)降解使用氯制剂、溴和碘制剂、二氧化氯、“三致”的醛类消毒剂等造成的二次污染；过硫酸氢钾能快速将还原价态的氯离子氧化成氯单质，氯溶于水生成盐酸和次氯酸，和过硫酸氢钾协同杀菌，同时又避免了氯和有机质结合产生有毒害的三致氯胺类物质，因为过硫酸氢钾能快速将此类物质分解。
4)络合和氧化重金属离子，使其形成稳定的无毒价态；
5)提高水体氧化还原电位；
6)在池塘底部形成氧化表层，阻断底泥中有机质厌氧发酵产生的有毒害物质向水体发散。
3.调节PH，调节藻相平衡。
复合过硫酸氢钾产品是酸性的，能降低水体的PH。同时强氧化剂是常用的杀藻产品过硫酸氢钾复合盐+有机酸+增效氧化剂+催化剂的复方产品，配合氨基酸使用，可以有效地控制蓝藻，不仅杀灭蓝藻，而且解藻毒，同时又培养有益藻类。降解水中的藻毒素：藻类会分泌一些有毒的代谢产物，尤其是在死亡后会释放出大量的藻毒素，包括神经毒素、肝毒素、细胞毒素等，这些毒素有很低的致死浓度，并会在哺乳动物体内累积。基于SO4·?的高级氧化可以有效去除藻毒素，是一项非常有前景的控制藻毒素污染的技术。
4.沉淀物循环利用和增益活菌：

见效快、无二次污染、实现“沉淀物悬浮再利用”：改底解毒后能使底部的泥土变松，使解毒后的残饵和死藻微粒悬浮，形成有机絮团，从而为浮游生物、有益微生物和鱼虾提供了营养源，12小时后搭配活菌使用，能增益活菌的生长繁殖，能使亚硝酸盐等长时间处于正常水平。因此和微生物产品搭配使用相得益彰，把速效和长效结合起来。